近年來，我校著眼于加強和企業特別是大型企業的實質性合作。學校大力匯聚成果、資本等資源，側重與重大轉型需求的500強企業、核心城市潛力企業、產業升級壟斷企業、資源整合上市公司等開展合作，同時積極協調社會組織的豐富資源，整合策劃項目合作，以期為專家教授們的成果工程化及產業化搭建合作平臺、提供專業服務，持續提升同濟人全面服務社會的能力。
目前，學校已與多家央企及世界500強企業達成深度合作伙伴關系，其中包括中國交建、中國電建、中國鐵建、中國石化、神華集團、綠地集團、中國中車股份有限公司、招商局集團等，校企合作伙伴隊伍還在不斷擴容。同時，多家企業也與同濟大學簽署相關合作協議，助推校企聯合研發平臺的建設，其中包括中車城市交通有限公司、中電建路橋集團、江蘇康泰集團、綠城集團、佳兆業集團、新興際華集團、中信銀行等。未來，學校工程與產業研究院也將與院系、教授團隊密切合作，重點圍繞企業轉型發展需求，整合、協調、落實一批有影響力、有示范性的校企科研合作。除此之外，同濟大學還與中國民族貿易促進會攜手設立“中國民族貿易促進會—同濟大學研究院”，研究院旨在面向民族地區開展智力技術服務，促進民族地區經濟社會文化健康發展。
2016年年底，同濟大學與全球規模最大的軌道交通裝備供應商——中國中車股份有限公司簽署合作協議，共建“同濟中車創新研究中心”，這也是中國中車在國內建立的首個綜合性研究中心。研究中心旨在創新校企合作機制，從而實現校企科研人員雙向流動、校企共建國家級實驗室和工程中心、共同引進海內外高層次人才、共同培育軌道交通國際化人才，同時研究中心將依托同濟大學學科群優勢，面向國家重大戰略需求，助推中車主體產業引領國際，同時推動同濟大學學科發展和“雙一流”建設。
2018年5月，同濟大學與中車城市交通有限公司簽署合作協議，共建“同濟大學中車捷運研究院”。研究院主要圍繞城市公交捷運、旅游捷運、物流捷運、智能捷運、商用捷運系統等方向開展技術研發、科技成果應用轉化及產業化、高科技企業孵化等工作。研究院依托學校優勢學科科研能力以及中車集團交通裝備制造經驗，與我校汽車學院、新能源汽車工程中心、磁浮中心、交通學院等院系開展合作對接，現著力開展新能源商用車項目、智能專用車項目、輕型磁浮電車項目等科技研發項目。
